EMA została skonfrontowana z zarzutem manipulowania danymi celem ochrony zysku firm farmaceutycznych, a nie zdrowia i życia pacjentów. Powodem oskarżeń jest zarzut selektywnego prezentowania wyników badań klinicznych. Skoro środowiska medyczne podpierają się przy podejmowaniu decyzji terapeutycznych danymi z badań klinicznych to powinny mieć pełen dostęp do ich wyników. Skoro jednak są one przedstawiane selektywnie to zachodzi obawa przed manipulacją. Więcej szczegółowych informacji jest dostępnych online w serwisie BMJ w publikacji: Opening up data at the European Medicines Agency oraz na Portalu PolishPharma